Il monumento, al momento escluso dal percorso di visita, sorge all’interno della “Cittadella”, area di oltre un ettaro, ubicata nel settore sud-ovest della città, racchiusa da potenti mura che probabilmente cingevano l’intera sede vescovile. L’edificio è di difficile lettura poiché gli scavi ottocenteschi condotti dal marchese Giacomo Gropallo e da Paolo Podestà hanno profondamente alterato il deposito antico.

La basilica paleocristiana venne edificata nella seconda metà del V secolo d.C., in corrispondenza dell’area precedentemente occupata dalla Domus di Oceano. 

Si è ipotizzato che, in questa fase, l’edificio avesse un impianto a tre navate, con presbiterio e abside di tipo interno (che non sporgeva all’esterno).
La divisione delle navate era creata da colonnati per i quali molto probabilmente sono state reimpiegate basi marmoree iscritte provenienti dall’area capitolina, recuperate negli scavi ottocenteschi e ora esposte al Museo Civico Archeologico di La Spezia, al Castello San Giorgio.

La fase bizantina

Intorno alla metà del VI secolo la basilica venne radicalmente modificata: demoliti i perimetrali, le navate furono ricostruite di minore ampiezza, mentre nel presbiterio venne eretto un secondo muro circolare che delimitava un deambulatorio.
Un basso muretto collegava parte degli intercolumni creando una zona soprelevata riservata; vengono inoltre realizzate nuove pavimentazioni.

Nella navata sinistra è stata rinvenuta parte del pavimento a mosaico che reca un tondo con iscrizione, testimonianza dell’opera di restauro promossa e sostenuta dal “famulus Christi Gerontius”. Della navata destra si conservano lembi di mosaici a tralci vegetali riconducibili a schemi noti in area africana. Nel deambulatorio del presbiterio, infine, rimane una piccola porzione di pavimento realizzato con lastrine di marmo bianco e bardiglio disposte a formare motivi geometrici.
Alla chiesa bizantina sono attribuiti il nartece ed alcuni vani lungo il perimetrale sud.
La pavimentazione del vano orientale è in cocciopesto, quella dell'ambiente occidentale è in tessellato di grosse tessere organizzate in riquadri bianchi e neri decorati al centro da elementi a croce e fiori stilizzati. Il pavimento del nartece e quello dell’ambiente adiacente, sono sempre a mosaico di grosse tessere in marmo bianco e calcare locale grigio azzurro, che formano differenti motivi geometrici.
Il rifacimento dell’edificio di culto, in questa fase forse intitolato al nome di Cristo, si ritiene sia da porre al termine della guerra greco-gotica (535-553) dopo la riconquista della Liguria da parte del generale Narsete e la creazione della Provincia Maritima Italorum di cui Luna diviene il centro.

La fase carolingia

Nessuna sostanziale modifica sembra intervenire fino al termine dell’VIII - inizi del IX secolo.
In età carolingia si realizza una cripta semianulare destinata ad accogliere la reliquia del Preziosissimo Sangue, attualmente custodita nella Cattedrale di Sarzana.
In tale fase la Cattedrale è intestata a Santa Maria.

La fase romanica

Alla fase romanica sono recentemente attribuite la costruzione delle absidiole e l’ampliamento dell’abside, modifiche che comportarono il rifacimento della cripta.